安徽省农业科学院农业工程研究所成立于2008年11月，前身为1995年7月成立的安徽省农业科学院原子能农业应用研究所，为省直农业科研院所、独立法人、公益一类事业单位，位于安徽省会合肥市。主要从事农业微生物、农业废弃物资源化利用、农业机械、农业规划与咨询服务等方面的科学研究和技术服务，拥有国家发改委规划咨询乙级资质和乙级资信单位资格。现有科研人员33人，其中高级职称18人，二级研究员1人、三级研究员2人，博士10人，享受国务院津贴2人、省政府津贴2人，安徽省学术和技术带头人3人，安徽省现代农业产业技术体系岗位专家6人。
安徽省农业科学院农业微生物研究与应用创新团队主要从事农业微生物菌种选育与菌群构建、农业废弃物厌氧利用技术研究，现有职工7人，其中，高级以上职称2人，博士3人。近三年来，团队建立了安徽省农业微生物省级菌种保藏管理中心、国家农用微生物太和观测试验点等科研平台，建立了厌氧微生物长期观测点2处、肥效微生物长期观测点1处；开发的秸秆发酵垫料生态养猪专用菌剂、高温好氧堆肥菌剂在省内多地成功推广；建设乡村振兴示范村2处；团队牵头组织了安徽省第一次农业微生物种质资源普查和资源保护单位确认工作。
安徽省农业科学院农业装备创新研发团队现有成员6人，其中博士1人、硕士5人，高级职称1人。团队主要从事农业机械与设施装备优化改进与设计研发。近年来，先后主持承担了国家、省（部）级、市（厅）级等科研项目50余项；荣获中华农业科技奖二等奖2项，安徽省科技进步奖三等奖1项，省级科技成果2项；发表学术论文30余篇，授权国家专利35项，其中发明专利4项，获得计算机软件著作权13项；主持制定安徽省地方标准2项。
安徽省农业科学院农业微生物研究与应用创新团队主要从事农业微生物菌种选育与菌群构建、农业废弃物厌氧利用技术研究，现有职工7人，其中，高级以上职称2人，博士3人。近三年来，团队建立了安徽省农业微生物省级菌种保藏管理中心、国家农用微生物太和观测试验点等科研平台，建立了厌氧微生物长期观测点2处、肥效微生物长期观测点1处；开发的秸秆发酵垫料生态养猪专用菌剂、高温好氧堆肥菌剂在省内多地成功推广；建设乡村振兴示范村2处；团队牵头组织了安徽省第一次农业微生物种质资源普查和资源保护单位确认工作。
安徽省农业科学院农业装备创新研发团队现有成员6人，其中博士1人、硕士5人，高级职称1人。团队主要从事农业机械与设施装备优化改进与设计研发。近年来，先后主持承担了国家、省（部）级、市（厅）级等科研项目50余项；荣获中华农业科技奖二等奖2项，安徽省科技进步奖三等奖1项，省级科技成果2项；发表学术论文30余篇，授权国家专利35项，其中发明专利4项，获得计算机软件著作权13项；主持制定安徽省地方标准2项。
